Специалисты Счетной палаты России уверены, что реализацию программы модернизации отечественного здравоохранения тормозят регионы, которые выполняют поставленные условия не в полном объеме и нарушают сроки запланированных работ в рамках программы.
Было подсчитано, что на модернизацию здравоохранения в течение 2011 года было потрачено менее 60% запланированного бюджета. Это сумма, равная 177,2 миллиардам рублей, из которых 101,5 миллиард рублей был взят из бюджета Федерального фонда ОМС.
Субъекты РФ неоднократно вносили коррективы в региональные программы модернизации здравоохранения. Это не могло не сказаться на временных рамках и качестве реализации программы.
Нарушение установленных сроков отмечалось и при составлении отчетности по использованию денежных средств регионами. В связи с этим Фонд обязательного медицинского страхования приостановил финансирование некоторых регионов.
Ревизия региональных программ модернизации здравоохранения в субъектах Российской Федерации запланирована Министерством здравоохранения на ближайшее время.